En 1806, Faneuil Hall sufrió una fuerte ampliación, duplicando su altura y anchura y ganando un tercer piso. Algunas arcadas exteriores se cerraron y la cúpula se trasladó al extremo opuesto del edificio. El edificio se reconstruyó por completo con materiales no combustibles entre 1898 y 1899. El 9 de octubre de 1960 el edificio se convirtió en Monumento Histórico Nacional y se agregó al Registro Nacional de Lugares Históricos unos años más tarde.
Se puede encontrar más información en la página web de este peculiar mercado: http://www.faneuilhallmarketplace.com/